Trước đây, xã Quang Trung thuộc huyện Trà Lĩnh.

Đến năm 2019, xã Quang Trung được chia thành 10 xóm: Bản Ngắn, Búng Ổ, Bản Chang, Sác Hạ, Sác Thượng - Cốc Đứa, Bản Ga - Roỏng Khuất, Lũng Lạn, Pác Rình - Kéo Háo, Tắng Giường - Ngã Tư, Lũng Ngùa.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập hai xóm Sác Hạ và Lũng Ngùa thành xóm Sác Hạ - Lũng Ngùa, sáp nhập hai xóm Búng Ổ và Sác Thượng - Cốc Đứa thành xóm Sác Thượng - Búng Ổ, sáp nhập hai xóm Tắng Giường - Ngã Tư và Bản Ga - Roỏng Khuất thành xóm Thôn Ga.[4]

Ngày 1 tháng 3 năm 2020, huyện Trà Lĩnh giải thể, xã Quang Trung được sáp nhập vào huyện Trùng Khánh.[5]